Государственная агрохимическая служба «Томская» создана в соответствии с постановлением Совета Министров СССР от 9 апреля 1964 года № 319 «Об организации государственной агрохимической службы в сельском хозяйстве».

Основной целью деятельности ФГБУ «Станция агрохимической службы «Томская» является мониторинг состояния плодородия почв земель сельскохозяйственного назначения  на территории Томской области и формирование на его основе научно-обоснованного обеспечения сохранения и повышения плодородия почв для увеличения объемов производства высококачественной сельскохозяйственной продукции.

На протяжении 50 лет Государственная агрохимическая служба «Томская» осуществляет контроль за состоянием земель сельхозназначения, соблюдением регламентов по применению агрохимикатов и органических удобрений, выполняет комплексные агрохимические  и токсикологические изыскания.